この問題は2014/10/15更新のCC 2014.1.1(13.1.1)のアップデートで修正されました。
CC 2014.1になり、普通にファイルを開いただけでは、ExtendScript ToolkitからスクリプトをAfter Effectsに送信することができなくなりました。
(ターゲットでAdobe After Effects CC 2014(13.0)では動作しない)
解決方法
この一時的な解決方法として、After Effectsのメニューから「ファイル→スクリプト→スクリプトエディターを開く」を選択することで、CC 2014.1をターゲットにすることができます。ターゲットに「AfterEffects 13.1」がでていればOKです。
この問題は2014/10/15更新のCC 2014.1.1(13.1.1)のアップデートで修正されました。
Dag nabbit good stuff you whspneripappers!