下記以外にもありますが、ここでは個人的に多用しているもののみ紹介します。
Ctrlで始まっているものがWindows用、Cmdで始まっているものがMac用です。
1.前回開いたプロジェクトを開く
Ctrl+Alt+Shift+PCmd+Option+Shift+P

私はAfter Effectsを開いたら真っ先に押します。
2.コンポジションウィンドウ分割
コンポジションウィンドウが選択されている状態でCtrl+Alt+Shift+N
Cmd+Option+Shift+N
(注:プロジェクトウィンドウが選択されている状態で押すと「新規フォルダ作成」になります)

・子コンポを操作しながら親コンポを見る時に。
・ブラシツール/コピースタンプツール/消しゴムツールを使いながらコンポジションを見る時に。
3.最後に使用したアニメーションプリセット又はエフェクトをレイヤーに適用
Ctrl+Alt+Shift+FCmd+Option+Shift+F

4.コンポジションウィンドウ1/4画質
Ctrl+Alt+Shift+JCmd+Option+Shift+J

5.新規レイヤー作成
・ヌルCtrl+Alt+Shift+N
Cmd+Option+Shift+N
・カメラ
Ctrl+Alt+Shift+C
Cmd+Option+Shift+C

追記
「機能が便利でも、4ボタンも押すのはやっぱり面倒」という方は、オリジナルショートカットを作る事が可能です。「after effects ショートカット 変更」でネット検索すれば方法が細かく書かれたサイトにヒットします。
(個人ブログに書いたものを再編成しました。)
新着記事 : おすすめ4ボタンショートカット http://bit.ly/c36JKj
世の中には4つも押せない人もいますが、RT @AEUSERS: 新着記事 : おすすめ4ボタンショートカット http://bit.ly/c36JKj
レイヤーをコンポジションの幅に合わせて拡大縮小
Ctrl+Shift+Alt+Hあたりも結構好きです
書きました。ショートカッターと呼ばれた女 RT @AEUSERS: おすすめ4ボタンショートカット http://bit.ly/bZnKzC
ショートカットキー
http://help.adobe.com/ja_JP/AfterEffects/9.0/WS3878526689cb91655866c1103a9d3c597-7987a.html
undefined: http://is.gd/84jrb
This is cool that we can get the mortgage loans and that opens up completely new opportunities.
あった :おすすめ4ボタンショートカット | AEP Project
http://t.co/WGOsT5BO